Kikundi cha kigaidi cha Mtandao wa Haqqani kilianza kuonekana katika ripoti za mashirika ya ujasusi yanayofanya kazi Afghanistan na Pakistan kutoka 2004-2005. Jina la mtandao huo linahusishwa na jina la kamanda wa uwanja Jalaluddin Haqqani, ambaye alipigana na vikosi vya Soviet.
Wakati wa kukaa kwa askari wa Soviet huko Afghanistan, Jalaluddin Haqqani alikuwa kamanda maarufu wa uwanja, aliungwa mkono na Wakala wa Ujasusi wa Amerika, akitoa msaada wa kifedha.
Baada ya kuondolewa kwa askari wa Soviet, vita vya wenyewe kwa wenyewe nchini Afghanistan viliendelea. Haqqani amehusika katika operesheni kadhaa kuu, mamlaka yake imekua sana. Mnamo 1992, alishiriki mazungumzo ya amani kati ya pande zinazopingana, kisha akawa Waziri wa Sheria wa Afghanistan na akashika wadhifa huu kwa miaka minne.
Baada ya kukamatwa kwa Kabul na Taliban mnamo 1996, Haqqani alijiunga na upande wao na aliteuliwa kuwa Waziri wa Maswala ya Mpaka. Kwa mazoezi, hii ilisababisha ukweli kwamba alidhibiti kabisa jimbo la Paktia, ambalo lilikuwa na kambi za mafunzo za al-Qaeda ambazo baadaye ziliharibiwa na Wamarekani. Baada ya kuanza kwa operesheni ya Merika dhidi ya Taliban, Haqqani alianza kuamuru vikosi vyao vya jeshi, lakini hakuweza kupinga wavamizi. Taliban walishindwa, Haqqani alianza kupigana vita vya msituni na hivi karibuni aliitwa na Wamarekani kama mmoja wa magaidi sita wanaotafutwa sana wa Taliban.
Vitendo vya Haqqani dhidi ya vikosi vya serikali na jeshi la Merika vilifanikiwa sana, tangu katikati ya miaka ya 2000, ripoti kutoka Afghanistan zilianza kutaja "Mtandao wa Haqqani", ambao ulionyesha kuongezeka kwa ushawishi wa mpiganaji huyu. Tangu 2006, pamoja na Haqqani, mtoto wake Sirajuddin (Siraj) amekuwa akisimamia mtandao huo. Tangu 2007, alikuwa Siraj ambaye alitawala kikundi hicho kwa sababu ya afya mbaya ya baba yake. Kwa kushirikiana sana na Taliban, kikundi cha kigaidi cha Haqqani hata hivyo kilifanya kazi kivyake na katu hakijawasilisha kwa mtu yeyote.
Hivi karibuni, uongozi wa "Mtandao wa Haqqani" tayari ulijumuisha washiriki kadhaa wa familia ya mwanzilishi wake na makamanda kadhaa wa uwanja, kikundi hicho kilidhibiti majimbo kadhaa ya Afghanistan. Tangu 2008, kikundi hicho kilianza kutumia washambuliaji wa kujitoa mhanga kutekeleza mashambulio ya kigaidi, mamlaka ya Merika ilianza kuiona kama tishio kubwa kwa wanajeshi wa Amerika huko Afghanistan. Kulingana na huduma za ujasusi, idadi ya washiriki wa mtandao mnamo 2010 ilikuwa kati ya watu 4 hadi 15 elfu. Ilikuwa ngumu kukadiria kwa usahihi idadi ya wanamgambo kwa sababu ya kikundi kilichofungwa.
Tangu 2008, mtoto wa mwanzilishi wa kikundi hicho, Siraj Haqqani, amejumuishwa na Merika katika orodha ya magaidi; tangu 2009, tuzo ya dola milioni 5 ilitangazwa kwa habari juu yake. Katika miaka iliyofuata, Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani na Badruddin Haqqani waliongezwa kwenye orodha ya kigaidi.
Kwa muda mrefu, mamlaka ya Merika haikuthubutu kuingiza rasmi "Mtandao wa Haqqani" katika idadi ya vikundi vya kigaidi, kwani bado walikuwa na matumaini ya kufikia makubaliano na viongozi wa harakati hiyo yenye ushawishi. Huduma za ujasusi nchini hata zilifanya mikutano na wawakilishi wa mtandao huo, lakini walishindwa kufikia makubaliano yoyote.
Hali hiyo ilisawazishwa mnamo Septemba 2011, wakati magaidi kutoka Mtandao wa Haqqani waliposhambulia makao makuu ya vikosi vya NATO na ubalozi wa Merika huko Kabul. Watu 16 wakawa wahasiriwa wa shambulio hilo. Ikawa wazi kuwa haitawezekana kufikia makubaliano na magaidi hao, na mnamo Septemba 2012 ilitangazwa kuwa Merika imeongeza Mtandao wa Haqqani kwenye orodha ya vikundi vya kigaidi.